На вершине могущества, в 1648 году, Шах-Джахан перенёс свою столицу из Агры в Дели, где им был построен новый город Шахджаханабад. В 1658 году внезапная болезнь и слух о смерти Шах-Джахана привели к междоусобной войне между его сыновьями, в результате которой он был свергнут сыном Аурангзебом и заточён в собственных покоях (согласно легенде, в сокровищнице), где и умер в 1666 году. Широко распространено мнение, что Шах Джахан I был заточён в Красном форте Агры и оттуда печально созерцал своё величайшее творение, Тадж-Махал, до самой своей смерти. Однако индийские исследователи утверждают что это лишь романтичная легенда: в действительности Шах Джахан находился в заточении в Красном форте Шахджаханабада, откуда не мог созерцать Тадж-Махал, расположенный в сотнях километров от него в Агре.
Шах-Джахан известен по жизнеописанию «Тарих-е делгуша», созданному Инаятуллахом Канбу. Между историками нет единства в оценке его деятельности. Хотя его двор и созданные им памятники поражали европейцев больше, чем создания других Великих Моголов, и хотя именно Шах-Джахану принадлежали такие драгоценности, как Кохинур и рубин Тимура, нельзя отрицать и то, что именно его неудачные войны с Персией подорвали могущество империи и поставили её на грань финансового краха.